לאחר ששיחק עונה אחת בלבד יונתן כהן חוזר למכבי תל אביב. לאחר שעזב את הקבוצה בעונה שעברה עבור הקבוצה האיטלקית פיזה שמשחקת בליגת המשנה באיטליה כהן יחזור למדים הצהובים.
יונתן כהן שכבר זכה במדים הצהובים עם המאמן ולדימיר איביץ בשתי אליפויות ישחק ככל הניראה במכבי תל אביב בשלוש שנים הקרובות עם אופציה שנה נוספת. כבר שנתיים שתואר האלופה שייך למכבי חיפה ולמאמן הקבוצה ברק בכר אך בקבוצה מאמינים כי החיזוק החדש יוכל להגדיל את הסיכויים להשיב למכבי תל אביב את תואר האלופה.
יונתן כהן כבר שנים עם המדים הצהובים, זה לא חדש לו. כהן שיחק והתאמן במחלקת הנוער של מכבי תל אביב ומשם עבר לביתר תל אביב שם קטף עם הקבוצה עוד גביע וב2018 חזר למועדון הביתי שבו גדל מכבי תל אביב.
את 2019\2020 סיים כהן עם הישגים מצוינים של 12 גולים ו11 בישולים. בהופעה האחרונה שנתן בקבוצה הכניס כהן את הגול המשווה במשחק הגורלי של מכבי תל אביב נגד הפועל תל אביב בגמר גביע המדינה.
